1949 - 1966
1949年10月1日，中華人民共和國成立，北京大學步入新紀元。
1949年1月31日，北平和平解放。2月28日，北平軍事管制委員會文化接管委員會正式接管北大。5月4日，北大成立校務委員會成立，湯用彤任主席。1951年6月，馬寅初出任新中國成立后的第一任校長。1956年6月，學校開始實行黨委領導下的分工負責制，江隆基任第一書記。1957年10月，陸平任校黨委第一書記，并于1960年3月起兼任校長。1962年2月，北京大學的領導體制明確為黨委領導下的以校長為首的校務委員會負責制。
黨和政府殷切關懷北大。從1949年4月到1950年4月的短短一年中，毛澤東主席就曾3次致信北大，“慶祝北大的進步”，并為北大題寫校名。自1949年至1961年，周恩來總理曾5次親臨北大。朱德、鄧小平等黨和國家領導人都曾到北大視察工作。
解放初期，國家對高等院校進行調整。北大農學院與清華大學農學院、華北大學農學院合組北京農業大學；北大醫學院劃歸衛生部管轄，成為獨立的北京醫學院；北大工學院并入清華大學；清華大學的文、理、法三學院及燕京大學的文、理、法各系并入北京大學（實際執行中北大法學院中的法律學系、政治學系調整到北京政法學院，地質學系調整到北京地質學院）；燕京大學撤消，北大由城內沙灘等處遷至原燕京大學校址。院系調整后，北京大學共有12個系：數學力學系、物理學系、化學系、生物學系、地質地理學系、中國語言文學系、歷史學系、哲學系、經濟學系、東方語言文學系、西方語言文學系、俄羅斯語言文學系；校、院、系三級體制改為校、系兩級管理體制；從原先擁有文、理、法、醫、工、農等6個學院的大學變成一所主要從事自然科學、人文社會科學基礎學科教學和研究的綜合性大學。院系調整使一批著名學者云集北大。至1952年11月，北大有教學人員546人，其中教授級170人，副教授級48人，高級職稱占40%。1955年國務院批準的中國科學院首批學部委員（院士）223人中，28人是北大的在任教師（文科11人、理科17人），其人數之多，比例之大，均居全國高校之首。為適應國家建設和發展的要求，北大于1954年、1956年恢復和重建了法律學系、圖書館學系；1958年將物理研究室擴建為中國第一個原子能系，并將物理學系分成物理學、地球物理學、無線電電子學3個系；1960年重建政治學系。北大還成立了一批研究機構，如外國哲學研究所、亞非研究所、理論物理研究室、半導體物理研究室、物理化學及膠體化學研究室等。
建國伊始，北京大學本著“堅決改造，逐步實施”的原則，對學校的培養目標、管理體制和教學工作進行全面改造。廢除了國民黨統治時期的部分舊課程，增開“新民主主義論”、“辨證唯物論和歷史唯物論”、“政治經濟學”等適應新時代的課程，到1950年3月，全校共計停開課程77門，新開課程100門，新社會的課程體系基本構建。北大還先后成立和加強了教學研究指導組和教學研究室，到1956年，教研室已達83個。從1952年到1957年，北大聘請了36位蘇聯專家，他們幫助開出41門新課程，并設立了某些“專門化”，培養了一批研究生和青年教師。北大的本科學制在這段時間發生過幾次重大變化：院系調整后，各專業的學制定為4年；自1953年新生開始，數學、物理、歷史三個專業試行5年制；自1955-1956學年第一學期開始，各系（東語系除外）均改為5年制；1960年，理科自1956級學生起改為6年制。
根據1953年全國綜合大學會議提出的“綜合大學是一個教育機構，同時也是一個研究機構” 的要求，北大進一步加強科學研究。1956年8月，國家制定了《1956―1967年科學技術發展遠景規劃綱要》，將計算技術、無線電技術、核科學、噴氣技術、半導體和自動化列為優先發展學科，北京大學為此做出突出貢獻。早在1955年，國務院就批準在北大成立以胡濟民為主任的物理研究室，率先承擔起為國家培養核科學人才的重任，僅首屆100名畢業生中就涌現出“兩院”院士6人。北京大學是中國最早培養半導體人才的單位，1956年，北大等5校在北大建立了聯合半導體物理專門化，以黃昆、謝希德教授為首的師生成為中國半導體科學事業的先行者。當中國計算機的研究剛剛起步，北大即開辦計算機學習班，并讓青年師生參加研制工作，這些舉措培養鍛煉了一批年輕人，其中不少人后來成為計算機科學領域的專家，如中國科學院和中國工程院院士、“國家最高科學技術獎”獲得者王選。60年代，北京大學的基礎科學研究取得了多項舉世矚目的成果，其中包括與中國科學院等單位協作的人工全合成牛胰島素結晶，標志著人類首次合成了生命的基石之一——蛋白質。
人文社會科學研究歷來是北大的強項，但是這個領域受政治環境的影響很大，這一時期接連不斷的政治運動和各種所謂“學術批判”，極大地制約了研究工作。盡管如此，北京大學仍在諸多領域取得了重要成果，其中馬寅初校長對中國人口問題的研究成果尤為突出。他的《新人口論》發表在1957年7月5日的《人民日報》上，文章闡述了中國人口劇增的嚴峻情況，系統論述了控制人口的必要性和具體措施，是理論聯系實際解決重大國計民生問題的典范之作，但是文章發表后卻遭到錯誤批判。北京大學歷來重視教材建設，認為教材既是教學的需要，又是科研的體現。1961年，僅文科4個系就承擔了教育部委托的教材編寫任務28項，不少著名教授參加編著，一批高水準的高校通用教材很快編出。這些教材堪稱新中國高校教材編寫的范式之作，對之后的中國文科高等教育產生了深遠影響。
50年代后期，由于黨在指導方針上的某些失誤，同全國一樣，北京大學也走過一段彎路。在1957年的反右派運動中，北大有700余名師生被錯劃為右派。過多的政治活動和體力勞動嚴重干擾了正常的教學科研。1961年，黨中央提出對國民經濟實行“調整、鞏固、充實、提高”的方針，努力糾正各種失誤。同年頒發了《教育部直屬高等院校暫行工作條件（草案）》，北京大學予以貫徹，對工作進行整頓，落實黨的知識分子政策，特別是著力糾正忽視教學的偏向。新修訂的教學計劃強調“教學為主”，加強基本理論、知識和技能的訓練，使教學質量有了顯著提高，北大畢業生獲得了“基礎寬厚、有后勁”的贊譽。1966年，北大在校生達近9千人，是1949年的4倍多。自1949年到1965年，北大培養了3萬多名本科畢業生和2000多名研究生，他們成為國家建設的骨干。這些畢業生中，涌現出了100多名中國科學院士和中國工程院院士。“兩彈一星功勛獎章”獲得者于敏、周光召，國防科技工作模范錢紹鈞，受黨中央表彰的知識分子優秀代表蔣筑英等，是其中的杰出代表。
1964年秋，中共中央宣傳部決定在北京大學開展社會主義教育運動的試點，并向北大派了工作隊。運動中，不少黨員干部受到錯誤批判。1965年3月，鄧小平總書記主持的一次中央書記處會議，著重討論了北大的情況，明確指出“北大是一所比較好的學校”，對工作隊的做法予以糾正。盡管如此，這場運動在北大造成的思想混亂，為接踵而來的“文化大革命”首先在北京大學“發難”埋下了誘因。
